Το Οθωμανικό νεκροταφείο, μικρό σε έκταση, αποτελεί χώρο ταφής για τους επιφανείς Οθωμανούς, από το 1822 ως το 1890. Τα σήματα των τάφων, οι περίτεχνες επιτύμβιες στήλες οι οποίες ήταν χρώματος μπλε με χρυσά γράμματα, ανήκουν στο ύστερο οθωμανικό μπαρόκ. Κάθε στήλη απολήγει σε κάλυμμα κεφαλής, που δηλώνει το βαθμό που είχε ο νεκρός, όταν ήταν εν ζωή. Η μια και μοναδική σαρκοφάγος που υπάρχει ανήκει στον Καρά Αλή, ναύαρχο που βρήκε το θάνατο, όταν ο Κανάρης ανατίναξε την τουρκική ναυαρχίδα, στο λιμάνι της Χίου, το 1822.